《武林外传手游》的宏大背景设定于明代中期这一风云变幻的时代，彼时的大明王朝，内忧外患交织，局势错综复杂。北方，瓦剌部落虎视眈眈，其铁骑时常在边境肆虐，烧杀抢掠，给当地百姓带来了沉重的灾难；东方，倭寇频繁侵扰沿海地区，他们烧杀抢掠无恶不作，沿海居民苦不堪言。而朝堂之上，宦官专权现象愈发严重，他们结党营私，把持朝政，导致政治腐败，民不聊生，百姓生活在水深火热之中。
直至万历皇帝登基，朝堂之上的格局才出现了微妙变动。宦官政权与清流势力之间的矛盾日益尖锐，双方明争暗斗，互不相让。这种激烈的政治斗争并未局限于朝堂，而是如汹涌的暗流般迅速蔓延至江湖之中。武林白道人士心怀家国大义，他们挺身而出，在内积极抗击宦官专政，试图为百姓争取一片清明的政治环境；在外则奋力抵御入侵之敌，守护着大明王朝的疆土和尊严。而与之相对的黑道人士，却为了一己私利，与宦官阉党狼狈为奸，与白道人士处处为敌，使得江湖局势愈发紧张，充满了刀光剑影和恩怨情仇。
回溯百年前的江湖，那是一个充满阴谋与权谋的时代。缺德道人（宦官一派）心怀不轨，暗中创立了葵花派。这个神秘的门派专门为缺德道人和东厂收集江湖情报，他们如同鬼魅一般穿梭于江湖之中，时刻掌握着江湖局势的细微变化。与此同时，缺德道人精心绘出剑谱秘籍，机缘巧合之下，莫太冲习练此剑谱后创建了衡山派。自此，葵花派与衡山派一暗一明，一邪一正，宛如缺德道人手中的两颗棋子，被其巧妙地运用，妄图以此来控制整个江湖。
在《武林外传手游》的游戏设定中，玩家将拥有丰富的角色选择，可以扮演枪豪、剑客、术士、医师、神机等各具特色的职业，投身于维护武林江湖和平的伟大事业之中。在游戏背景里，六扇门（警察组织）和清流学士一直与宦官势力进行着艰苦卓绝的斗争。他们不畏强权，坚守正义，为了百姓的安居乐业和江湖的和平稳定，付出了巨大的努力。然而，命运弄人，老皇帝重病卧床，朝堂局势再次发生变动。宦官势力趁机展开大清洗，六扇门在这场残酷的斗争中元气大伤，陷入了前所未有的困境。
就在此时，缺德道人弟子白三娘挺身而出，她联合郭巨侠，借助衡山派内部的内应，与衡山掌门莫小宝携手合作。他们精心策划，巧妙布局，最终一举铲除了衡山派中缺德道人的势力，为江湖带来了一丝曙光，也为玩家在游戏中展开一场波澜壮阔的江湖冒险埋下了伏笔。